Un cop s’han dut a terme totes les actuacions per a investigar els presumptes fets delictius (les diligències d’investigació), el jutge d’instrucció ha de prendre la decisió sobre si cal celebrar un judici al respecte o s’ha d’arxivar (“sobreseure”) el procediment.
Segons el tipus de procediment canvia tant el nom d’aquesta decisió com la possibilitat de presentar un recurs contra la mateixa. Però el que és comú és que l’arxiu s’ha d’acordar quan l’acusació és inviable, per exemple, perquè els fets denunciats no son delictius (no encaixen amb cap delicte) o perquè no hi ha suficients proves que els recolzin. En cas contrari, això és, quan l’acusació té un mínim fonament, el procediment ha de continuar cap a la fase de judici.
És important remarcar que per prendre aquesta decisió, prèviament s’ha d’haver permès a la persona investigada exposar la seva versió dels fets en una declaració.
Cal tenir en compte que la decisió de continuar el procediment no prejutja a l’investigat. La seva presumpció d’innocència es manté intacta i, de fet, a la fase de judici només es podrà condemnar en base a les proves que s’han dut a terme (“practicat”) d’un jutge diferent del que ha tramitat la instrucció.
Ara bé, es tracta d’una decisió important de cara al futur. No només per significar que l’acusació té una mínima viabilitat, sinó també per fixar quins son els fets que poden ser objecte de judici. D’aquesta manera, les acusacions queden vinculades pels fets que l’instructor ha exposat en la decisió de continuació del procediment, i no podran introduir fets diferents en el judici.